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At1g55350 SYNGENTA 102227

Genomic Sequence (from TAIR)
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TGTGCCCCTCATGGCAGCATGCCTGTCTATTGCTGTTCCCATATGGATGCATAATGGGTACCAATTTTGGGTTCCACAGTTATCATGTGGTGACCAGGCA
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ttagtttgctcacatttggttgggatttttttccttctcgaagtgatccttatatttcttttcctctactttctagTTGTTCTCGTGGCATTTTGTGGAA
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TTCACTATGCTGTGGGATGGTTAAATGgtggatgactatttcctcacgttgcctattaaatcttactctcagtttcaatgagatcgtccttttaaatgtt
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AGCTGTCATTGCAGTCAAACCATGGACGgtaaatgcaaattgcttacataattctcaaagtttttggcttacttttctcaatctgatacatctttgtgtt
tcaataataacagATAGGCGTATCTTTTCTCTTAGTTCTTTTCCTTATGGTGGTAACAATTGGTGTAATCCATCTTTGGGCGTCAAACAATTTCTATTTA
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ACATTCCTGTCTCTGTTGGCTGGAAGAGCATTAGCTgtgagttcaacagaactgtggctttttctgtttctgtattcaaccggaatattaacgattattc
tcgtagGTTCTTCTATCCCCACCAATTGTAGTATATTCTCCAAGGGTGCTACCAGTATATGTCTACGATGCTCATGCTGATTGCGGAAAGAATGTCAGgt
atgcagccacttgagtacccctaatagtattgcatctgctgatctgaaatgaccataaaggattaagctgatcgactctcatatgcttttctattgattg
cattgggatttctctagTGCTGCATTTCTTGTCCTGTATGGAATTGCTTTGGCAACAGAAGGCTGGGGTGTTGTTGCTAGTCTGATAATTTATCCTCCGT
TTGCGGGTGCTGCTGTATCAGCTATCACCCTTGTAGTAGCCTTTGGGTTTGCTGTTTCTCGCCCATGTTTGACTCTTGAGgttagttttctggttgtttg
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GCTTTCTTAGCAAGGATACTATAGTGCAAGCTATCTCTCGATCTGCCACGAAAgtaagttacactctgatgtgtctcttgaaaatcatattgatattcta
ttattggccttatttcaacacattcacgtaatatggagctccatgggatgtatgatttattccgtctttgcaacttgttaattacagACAAGAAATGCTC
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ctatgtatgtctaacacgggattattacaatgttgtagGATGAGGTACGGTTGCGGCTCTTCTTAGATAGCATTGGGTTCTCGGATTTAAGTGCCAGAAA
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AGGGAGGCAGCAGCCATGGCAGCTGCAATACGTGCTGTTGGGGGTGATTCTGTCCTTGAGGATTCCTTCGCAAGAGAGAGGGTCTCGGGTATTGCACGTA
GGATACGCACTGCTCAACTAGAACGACGTGCACAACAGgttaaaacttatttttatattctgcaagtgttctttcttatgatgctgattaatggagaatt
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AGTGTCTGTCAAAGTCAGAAGATTAGCTTTTCCGTTACAGCAATGATCCAATCCGATTCTGGACCTGTATGTCTTTTTGGCACTGAATTTCAAAAGAAAG
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AGTGACAATCACAATTGATGCTGATGCGGGGGAAGCTACTTGTTACATAGATGGTGGGTTTGATGGCTACCAGAATGGGTTACCTCTAAGTATTGGCAGT
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TGCATATTATGGATGTTTTCCTTTGGGGGAAATGCTTAAGTGAAGAAGAGGCCGCTTCTTTGCATGCAGCCATTGGCATGGCTGACTTAGACATGATTGA
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ggctaatgttaaaacctattctaatttttgttgattcctttctctttttaccagGTCGATGGTTGGGATAGTGATCCTGCCGATGTTGATCTCTATGATA
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GGGGATGCAAATCCTTCAGATGTTTGCCAGgtttgatcacttactttttctgttcagttactttttcctgaccgtcttgtatgcatgtcaattcaaaatg
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TGGAGAAAGCATATGCCAAGCTCCATGGTTCTTATGAGGCACTGGAGGGGGGACTGGTTCAGGATGCTCTTGTCGACCTAACTGGAGGAGCTGGTGAGGA
GATTGACTTGCGGAGTGCTCAAGCACAAATAGATCTTGCAAGTGGCAGATTGTGGTCTCAATTGTTACGTTTTAAACAAGAGGGGTTCTTACTTGGTGCT
GGAAGTCCATCAGGATCTGATGTTCATGTATCTTCCAGTGGCATTGTGCAAGGGCATGCTTACTCCGTCTTACAGgtattcccttttgctttggttgcat
ttgccatatcctgagtatgagaacacaatttaatatatttacgtactgtctttcttcagGTGAGAGAGGTTGATGGGCACAGACTTGTTCAGATTCGAAA
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gtttctcttgcgcttaacttctttacagctcattccttgtgttccttgaattctcttagtccgattagggggactatatttcagaaactggtaaaagatt
ttgctttattgttaacaaggggacacacatggacaaaacatagtgctcacaaacacatagttaggtgtaaatatatgtaattatgctatggtttcttcaa
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AATCTGTTGGTGGAACAGACTATGTGAATTCCCGTGAGATTTCATGTGAAATGGTTCTTGACCCTGATCCTAAGGGTTATACTATTGTCCCAACCACGAT
ACACCCAGGGGAAGAAGCACCTTTTGTCCTTTCAGTCTTCACAAAAGCATCCATTGTTCTTGAAGCTTTGTAGtgcccgtattgtcagatggctctctca
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tgctcagaggatagataatttgcactggagaaagcacttttcaggcatggctcaccggcattccatctcgatcttgagacacgcatcaaatgtacatttg
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ggtttggtattcggtagtggtagctgcagttttggttggtgtgttgtaatattcagacactaatctgtgtgcagatttcgtttcaactctaatatatgag
ggctctctttctctctcgttctctttcactatctctcttaatctgtgtttggagttctctttacactcgctcacccatttgtaaatggagattctagaac
t

Border_1 (102227_RB)

ATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGACCATGA
TTACGCCAAGCTCAAAATTAACCCTCACTAAAGGGAACAAAAGCTGGAGCTCGCTTGAGCTTGGATCAGATTGTCGTTTCCCGCCTTCAGTTTATGCATG
CTAGCATATGCCATGGAAACTATCAGTGTTTATAGGTTATAGTGCCGGTGGCTGCCAAGATTATAGCTCATGGCATCAAAATCCACAATTCAGGCTGAGG
GCAACTGGTTCTGATGCATCTTTACCAATTCATGTGTTCATCACCTTAACTCAGGCACATGCTATCCCTTGATGGAAACTTTTTCTATCTATAATTCTTT
TGTAATTATCCTCAGCTCATTCTCCCAATGTTACTTACAGGGCGTAGGTTTCTCGAGAACAACTCCTGGATTTCGTAACTACCAATCAAGCCATGATTCA
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ATTCCCGTGAGATTTCATGTGAAATGGTTCTTGACCCTGATCCTAAGGGTTATACTATTGTCCCAACCACGATACACCCAGGGGAAGAAGCACCTTTTGT
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AGTGCTTGTGTTGTTTAAGGAACCAGACGGCTTACGTCTCAATGTTAAGACT

Start of BLAST Alignment:NT 9526 / Exon 29 of 30
First 15 bp Perfect Match:NT 9526 / Exon 29 of 30
BLAST Details:
Query Sequence: 102227_RB 
Length: (852 letters) 
Database: Genes from AGI, Total Genome (DNA);
                                                                     Smallest
                                                                       Sum
                                                              High  Probability
Sequences producing High-scoring Segment Pairs:              Score  P(N)      N

At1g55350 68414.t05796 calpain-type cysteine protease fam...  3095  3.4e-134  1


>At1g55350 68414.t05796 calpain-type cysteine protease family identical to
           calpain-like protein GI:20268660 from [Arabidopsis thaliana];
           contains Pfam profiles: PF00648 Calpain family cysteine protease,
           PF01067 Calpain large subunit,domain III; identical to cDNA
           calpain-like protein GI:20268659
        Length = 11,171

  Plus Strand HSPs:

 Score = 3095 (470.4 bits), Expect = 3.4e-134, P = 3.4e-134
 Identities = 619/619 (100%), Positives = 619/619 (100%), Strand = Plus / Plus

Query:   234 AGGTTATAGTGCCGGTGGCTGCCAAGATTATAGCTCATGGCATCAAAATCCACAATTCAG 293
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 10016 AGGTTATAGTGCCGGTGGCTGCCAAGATTATAGCTCATGGCATCAAAATCCACAATTCAG 10075

Query:   294 GCTGAGGGCAACTGGTTCTGATGCATCTTTACCAATTCATGTGTTCATCACCTTAACTCA 353
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 10076 GCTGAGGGCAACTGGTTCTGATGCATCTTTACCAATTCATGTGTTCATCACCTTAACTCA 10135

Query:   354 GGCACATGCTATCCCTTGATGGAAACTTTTTCTATCTATAATTCTTTTGTAATTATCCTC 413
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 10136 GGCACATGCTATCCCTTGATGGAAACTTTTTCTATCTATAATTCTTTTGTAATTATCCTC 10195

Query:   414 AGCTCATTCTCCCAATGTTACTTACAGGGCGTAGGTTTCTCGAGAACAACTCCTGGATTT 473
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 10196 AGCTCATTCTCCCAATGTTACTTACAGGGCGTAGGTTTCTCGAGAACAACTCCTGGATTT 10255

Query:   474 CGTAACTACCAATCAAGCCATGATTCACAGTTGTTCTATATCGGATTGAGGATTCTTAAA 533
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query:   534 ACTCGTGGACGTCGTGCTGCTTACAACATATTTCTTCATGAATCTGTTGGTGGAACAGAC 593
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 10316 ACTCGTGGACGTCGTGCTGCTTACAACATATTTCTTCATGAATCTGTTGGTGGAACAGAC 10375

Query:   594 TATGTGAATTCCCGTGAGATTTCATGTGAAATGGTTCTTGACCCTGATCCTAAGGGTTAT 653
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Sbjct: 10376 TATGTGAATTCCCGTGAGATTTCATGTGAAATGGTTCTTGACCCTGATCCTAAGGGTTAT 10435

Query:   654 ACTATTGTCCCAACCACGATACACCCAGGGGAAGAAGCACCTTTTGTCCTTTCAGTCTTC 713
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 10436 ACTATTGTCCCAACCACGATACACCCAGGGGAAGAAGCACCTTTTGTCCTTTCAGTCTTC 10495

Query:   714 ACAAAAGCATCCATTGTTCTTGAAGCTTTGTAGTGCCCGTATTGTCAGATGGCTCTCTCA 773
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query:   774 GCAACCTGCATGCCATGAAATCATCCAAGTGCTTGTGTTGTTTAAGGAACCAGACGGCTT 833
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Query:   834 ACGTCTCAATGTTAAGACT 852
             |||||||||||||||||||
Sbjct: 10616 ACGTCTCAATGTTAAGACT 10634