At3g05680 SYNGENTA 123805
Genomic Sequence (from TAIR)
ttgtcactggaaggtgaatgataagaaacctaaatttgtgtagaaaatctgaataacccaaacttgaaactgtaacaaaaaactgaactttgcagacatg atatttcgatccagtggtttcgatgaaatgtccagagtccagactctaaagttcagcttctttatcattaataaactttagtcactttcagagaaatcta gattttgagtcaattcgtcttctagaaacaaaaatagtgaagcaatattgttagctgaaccacttgtagttagattttcagctaaaatgccagctttata ttctttgtgagtgacttaatgtctgacaacatttcttgagcgtgggtgATGTCTATGGTTCGTTATCTCAACGTTGACAATATTTTCGTTAGGGCAACTT CACCTCCTTCATTTGCGTTGGAAGTGTTCGTTCGATGTGAAGGAGAATCAAAGTTTAAGCGACTTTGTAATCCTTTTCTTTACACTCCTTCAGCGCCCTA CCCTTTGGAAGTGGAGgtaactactaaacttgatttatcttcagactgatttttgtttcttttctttttggttcttggtattgattagtttggtattctg caactgatgctggtaacaacatttgggaatggttcttatgtacatttcctgtccttagaccagagtaattggctaccataattcagattcctttgggaac aaggagctgttagctggaaatatggcttacagctgtacatactcccctagagatgtgtatattagtttatatgtaaattgctgggtcatatctgtcttcg gataataggggttatgacataatagaaggattaaataacctgttgtaggtggtaaggggtttaatttgggttgagaatgaaaggagtttagagaattgaa 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tttgtcaaagcaacaagccacgagcataagcttacatttataaccctgtaagtaacaaaacactaatttaaggaattacagtgattaaaatcattaaact t
Border_1 (123805_LB)
TCACACGCTGGTGATAGAAATTTCTAATATTAATAGATTAATTGTTGNTAATTTTCTCATTTCAGGGGAAAGCCACTCTTTTAGGTTTAAGTTTGGCCTT
CTTCT
| Start of BLAST Alignment: | NT 1355 / Intron 2 of 23 |
| First 15 bp Perfect Match: | NT 1355 / Intron 2 of 23 |
BLAST Details: Query Sequence: 123805_LB Length: (105 letters) Database: Genes from AGI, Total Genome (DNA); Smallest Sum High Probability Sequences producing High-scoring Segment Pairs: Score P(N) N At3g05680 68416.t00573 expressed protein 509 3.8e-17 1 At4g06598 68417.t00964 pseudogene, similar to unnamed pro... 131 0.99 1 At5g48020 68418.t05511 expressed protein 126 0.9995 1 At1g10870 68414.t01110 ARF GTPase-activating domain-conta... 126 0.9997 1 >At3g05680 68416.t00573 expressed protein Length = 10,495 Plus Strand HSPs: Score = 509 (82.4 bits), Expect = 3.8e-17, P = 3.8e-17 Identities = 103/105 (98%), Positives = 103/105 (98%), Strand = Plus / Plus Query: 1 TCACACGCTGGTGATAGAAATTTCTAATATTAATAGATTAATTGTTGNTAATTTTCTCAT 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct: 1356 TCACACGCTGGTGATAGAAATTTCTAATATTAATAGATTAATTGTTGTTAATTTTCTCAT 1415 Query: 61 TTCAGGGGAAAGCCACTCTTTTAGGTTTAAGTTTGGCCTTCTTCT 105 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct: 1416 TTCAGGGGAAAGCCACTCTTTTAGGTTTAAGTTTGGCCTTCTTAT 1460 >At4g06598 68417.t00964 pseudogene, similar to unnamed protein product blastp match of 52% identity and 3.7e-07 P-value to GP|8096589|dbj|BAA96162.1||AP002092 unnamed protein product {Oryza sativa (japonica cultivar-group)} Length = 2463 Minus Strand HSPs: Score = 131 (25.7 bits), Expect = 4.5, P = 0.99 Identities = 49/75 (65%), Positives = 49/75 (65%), Strand = Minus / Plus